APPEによってRIP結果が違う

「APPEなRIPでも変なPDFデータは処理できない - DTP+印刷営業メモ」でIllustrator CS4の透明グラデーションを使って、透明を保持した状態のPDF（例：PDF/X-4）をAPPEのエンジンでRIPさせると失敗したよって話を書いたのですが、某所の協力でAPPEのエンジンを使用したRIPで演算させたら、今度は成功したよ！

正常に演算できてめでたしめでたし！

ってそうじゃないだろ！

APPEの設定によってはIllustrator CS4の透明グラデーションが消えてしまう問題が発生してしまうのはちょっと問題だよなぁ。
つまりこれって「APPEだから安心！」じゃなくて「APPEで同じ設定だったら安心！」ってことなんだよね。むむむ。
APPEのエンジンに入る前に各メーカーで色々なおまじない（prologue.psみたいなもの）をしていると思うんだけど、それによってはこうなっちゃうんじゃないかなぁとかAPPEもちょっとどうなのよ、と思ってしまいました。

まーどこが原因かっていう大方予想は付いているんだが。