文字のエンコーディングが違うと何か不具合があるのかしら

Adobeのサポートデータベースから。

InDesign 2.x/CS は、文書を PDF に書き出す際、OpenType、Type 1、TrueType フォントのグリフを CID フォント、または 2 バイト文字として不正確にエンコードを行いますが、InDesign CS2 ではエンコードが正確に行われます。
InDesign CS/CS2 は日本語 OpenType フォントを CID フォントとして正確に エンコードします。

えーっと文字は埋め込まれているわけだし、何か不都合でもあるのかしら。

文字検索とかそういうことでしょうかねぇ？

＃日本語OpenTypeってCID由来のものしかないのかしら？ TrueType由来のものもあるんじゃぁ…。