一体僕らはどうやって作業したらよいのだろうか？

もうIllustratorでレイヤー使って作業する時代も終わったなーと思わせるエラー。原点回帰だ。（Illustrator3くらいですか？）

問題点 （Issue）

Adobe Illustrator CS3 で、複数のレイヤーに PSD ファイルを配置してそれぞれにマスクを作成し、複数をまとめてコピー＆ペーストすると、マスクされた画像が入れ替わったり、画像の位置にずれが生じます。

解決方法 （Solutions）

この問題を解決するには、以下の A. または B. いずれかの操作を行います。

A. マスクされたオブジェクトを 1 つずつコピー＆ペーストします

B. すべてのレイヤーを結合します
[レイヤー] パネルのメニューから [すべてのレイヤーを結合] を選択、または [選択レイヤーを結合] を選択してマスクしたオブジェクトのみ 1 つのレイヤーに結合し、コピー＆ペーストします。

素材集のIllustratorのデータをIllustratorにファイルで配置するな、コピペすれとか片方で言っておきながら、安易にコピペすると壊れるとは恐れ入ります。あ、奇数バージョン使う人が悪いんだったっけ。Illustratorって。普通に仕事をしたい人はIllustrator CS4待ち？

しっかし、マジで高度なグラフィックを書く仕事に使っている方には残念なお知らせなんじゃなかろうかと。＃
まぁIllustrator CS2を使いましょうってことで。

あと、同じページに記載されている関連文書の「［232560］非表示オブジェクトが表示される（Illustrator CS2/CS3）」もなかなか秀逸です。